Протекает по холмистой местности, покрытой лесами и болотами. Ширина реки на разных участках колеблется от 5 до 15  метров в период межени и от 10 до 35  м в паводок. Глубокие  и длинные плесовые участки чередуются с короткими и мелкими перекатами. Долина Черной Холуницы асимметричная. На правом берегу можно наблюдать выходы юрских период мезозоя. У поселка Черная Холуница река перегорожена плотиной, образовавшей водохранилище с площадью зеркала воды 390  га. Для сплава пригодны 52  км из 94  км, но ввиду сокращения площади лесов в ее бассейне она перестала быть сплавной.